پس از کودتای 28 مرداد 1332 بین عناصر غیرمذهبی طرفدار قانون (مخالفان استبداد سلطنتی) در درون جبهه ملی و مدافعان نهضت ملی صنعت نفت اختلاف و جدایی افتاد. طرفداران حکومت قانونی که هم مذهبی بودند و هم با جامعه سنتی بازار رابطه داشتند به رهبری مهندس بازرگان نهضت آزادی را تأسیس کردند و با وجودی که هرگونه فعالیت سیاسی و اجتماعات حزبی و مجالس سخنرانی و تبلیغ افکار سیاسی ممنوع شده بود، این سازمان زیر پوشش فعالیت های فرهنگی و صنعتی و مذهبی به تلاش سیاسی خود ادامه می داد.

تفکر و اندیشه مذهبی حاکم بر رهبری نهضت آزادی در کار سیاسی احتیاط و محافظه کاری بود نه دست یازیدن به اسلحه و اعتقاد به مبارزه مسلحانه و براندازی نظام خودکامه پهلوی.

رهبران نهضت آزادی مسلمان بودند، طرفدار تجدد و آزادی و حکومت قانون با حفظ شئون اسلامی و معتقد به اصل دموکراسی پارلمانی، اما این شیوه مورد پسند جوانان دانشگاهی و متأثر از فضای انقلابی جهان سوم آن روزگار نبود.

در طیف جوانان چپ هم این شکاف و فاصله بین نسل محافظه کار حزب توده ایجاد شده بود و قطب نمای مبارزه سیاسی در فضای انقلابی جهان سوم تغییر کرده بود و رو به سوی جنوب شرق آسیا داشت و فریاد مائو شنیده می شد که قدرت در لوله تفنگ است و دیکتاتورهای وابسته به امپریالیزم جز در میدان نبرد مسلحانه جانی برای آزادیخواهان باقی نمی گذارند.

به این ترتیب عده ای از جوانان وابسته به نهضت آزادی مثل حنیف نژاد و سعید محسن و بدیع زادگان و... با تشکیل سازمان مجاهدین راه مبارزه مسلحانه را پیش گرفتند و این خط و استراتژی برای سازمان بهره ای جز شکست و کشته شدن اعضاءِ و زندان نداشت.

در زندان نیز بخشی از مجاهدین در گفت و گوها و کشمکش های رایج در داخل زندان از اسلام به سوی مارکسیسم رفتند و به خیال خود نظریه و تز رهایی خلق را گسترده تراز آن دیدند که فقط آن را در محدوده اسلام شریعتی (علوی) و رمانتیسم انقلابی آن محبوس کنند، این جدایی در زندان نه فقط گروه بازمانده در حصار اندیشه اسلامی مجاهدین اولیه را به مبانی اسلامی نزدیکتر نکرد، بلکه با رفتن مارکسیست های تازه از پیکره اصلی سازمان به بیان تلفیقی و التقاطی تازه از مارکسیسم در اسلام مجاهدین تجلی کرد.